Dalam sistem Pajak Pertambahan Nilai (PPN) di Indonesia, Bendaharawan Pemerintah berfungsi sebagai Wajib Pungut (Wapu). Wajib Pungut (WAPU) adalah instansi atau badan usaha pemerintah yang ditetapkan oleh Menteri Keuangan untuk memungut Pajak Pertambahan Nilai (PPN) dan berkewajiban untuk melakukan penyetoran serta pelaporan pajak atas Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) yang sudah dipungut kepada Pengusaha Kena Pajak (PKP).
Secara umum, Wapu merupakan pihak yang seharusnya dikenakan PPN sebagai pembeli, namun dalam praktiknya, Wapu justru berperan sebagai pemungut PPN.
Sebagai contoh, dalam kasus belanja barang oleh bendahara pemerintah, pada umumnya pembeli (bendahara pemerintah) akan dikenakan PPN oleh penjual. Namun, karena adanya ketentuan yang mewajibkan pemungutan, meskipun bendahara pemerintah berposisi sebagai pembeli, ia justru yang bertindak sebagai pemungut PPN.
Pemungut PPN harus melakukan pemungutan bersamaan dengan pembuatan faktur pajak oleh rekanan. PPN yang dipungut harus disetorkan paling lambat tanggal 15 bulan berikutnya setelah periode pajak pemungutan berakhir. Pemungut juga diwajibkan untuk membuat Surat Setoran Pajak (SSP) atas nama rekanan, yang mencantumkan NPWP, nama, alamat rekanan, serta kode dan nomor seri faktur pajak. Salinan atau cetakan SSP tersebut harus diberikan kepada rekanan. Selanjutnya, pajak yang telah dipungut harus dilaporkan oleh pemungut PPN melalui SPT Masa PPN, dengan batas waktu pelaporan paling lambat akhir bulan berikutnya setelah masa pajak pemungutan selesai.